忍者强度与功能性是通关效率的核心因素。根据实战数据与秽土转生三代目火影、四豆雷影、永恒佐助等S级忍者长期占据副本强度榜首。秽土三代凭借9个技能组合与金刚牢壁的控制链，能实现高爆发输出与群体压制；四豆雷影则以抓取、破霸体特性适配多数副本机制，大招后双技能衔接的设定进一步强化了持续作战能力；永恒佐助的须佐能乎形态兼具范围伤害与生存优势，奥义伤害覆盖全屏。这些忍者通过高伤害倍率、技能无敌帧或机制优势，显著降低副本通关难度。
平民玩家同样存在优质选择，例如奈良鹿丸与春野樱。鹿丸的影子模仿术可实现安全距离输出，奥义释放期间的无敌帧能规避BOSS关键技能；春野樱的觉醒状态提供爆发性伤害提升，且碎片可通过日常活动获取。次郎坊作为C忍代表，其奥义仅消耗2个查克拉豆的特性，在特定副本中伤害效率甚至超越部分S忍。需注意忍者与副本机制的适配性，例如少年自来也的爆炸输出对雷霆属性BOSS无效，而李洛克的体术连击在需要快速破防的关卡中表现突出。
剧情副本更依赖范围清场能力，如长门的阎王防守与三连炮技能可高效处理杂兵；精英副本要求对单体BOSS的爆发输出，雷影的抓取或秽土斑的Y轴压制更具优势；团队副本则需平衡输出与辅助，百豪纲手的治疗与须佐鼬的攻防一体成为优选。跨战力挑战时，秽土次郎坊的高额百分比伤害与须佐鼬的生存能力构成最优组合，而天道佩恩的地爆天星在控场场景中不可替代。
优先将S忍升至三星解锁核心技能，如秽土三代的火遁·豪火龙冷却缩减；B/C忍建议集中培养3-4名功能型角色，例如鹿丸的控场与雏田的白眼破防。每日扫荡精英副本获取碎片时，采用3次一刷出2片则继续，单次出1片即更换的规则可优化效率。秘卷选择上，霸体或查克拉恢复类秘卷能弥补平民忍者的机制缺陷。
面对多波次敌人时，保留奥义技能应对关键波次；高难度副本需观察BOSS前摇动作，利用飞雷神等位移技能规避伤害。秽土转生忍者普遍具备复活机制，在生存压力大的关卡中容错率更高。忍者评级仅反映获取难度而非绝对强度，部分A忍如鹰佐助的灵活性与暴怒带土的破盾能力，在特定副本中的表现超越常规S忍。
综合版本数据与实战检验，副本最强忍者需满足三个条件：技能机制与关卡设计高度契合、培养成本与产出效益平衡、操作容错率适应多数玩家水平。当前版本中，秽土三代、四豆雷影与永恒佐助构成第一梯队，而鹿丸、樱等平民忍者在资源限制下仍能发挥核心作用。玩家应避免盲目追求评级，优先根据副本特性与自身操作习惯构建阵容。
