水系精灵分布广泛且种类丰富，从初始精灵到后期神兽均有涵盖。杰尼龟作为初始水系精灵，可直接从大木博士处获得，是玩家最早接触的水系选择。其他常见水系精灵如蚊香蝌蚪可在地面水域通过钓鱼获取，玛瑙水母和大钳蟹则在大部分水域均有分布，使用中级钓竿即可捕获。双子岛是小海狮的主要栖息地，而21号路及1、4、5岛则是大舌贝的聚集区域。
墨海马和角金鱼主要出没于海域区域，需使用高级钓竿才有较高捕获概率。呆呆兽和海星星为叶绿版专属精灵，火红版无法直接获取。鲤鱼王作为最基础的水系精灵，几乎在任何水域都能用低级钓竿钓到，但其进化形态暴鲤龙则需要使用高级钓竿才有机会捕获。金黄市希鲁夫公司会提供乘龙，而彩虹市获得的伊布可通过水石进化为水精灵。
奥西米山的化石复活系统允许玩家获得菊石兽或化石盔，这是两个具有考古价值的水系精灵。双子岛深处隐藏着急冻鸟，虽然属于冰系但具有水系抗性，捕获前需解决推石头谜题。发电厂区域的闪电鸟和灯火山顶的火焰鸟虽非纯水系，但作为飞行系同样具有对水系优势，值得水系训练师关注。
水系精灵的培养需注意技能搭配，高压水炮是本系最强技能，杰尼龟初始形态可在7岛学习。冲浪术在野生原野区最深处获取，是水系精灵的核心移动技能。游戏后期，通过特殊事件可获得盖欧卡等传说水系精灵，但需要完成特定剧情。合理利用钓鱼系统和区域探索，能够组建出强大的水系队伍应对各种战斗场景。
水系精灵的战术价值在于其多样的辅助和控制能力，如求雨天气的运用和冰冻光束的组合打击。游戏中的水系道馆位于华蓝市，挑战前建议培养草系或电系精灵作为应对。通过系统性地探索各水域和完成相关剧情，玩家可以收集到完整的水系精灵图鉴，为通关和竞技打下坚实基础。
