组合技是战斗中的一大亮点，通过特定忍者的搭配，可以释放出威力更强的联合忍术。比如自来也与深作、志麻两位仙人联手施展的仙法·五右卫门，融合了蛤蟆油、风遁和火遁，形成范围极广的高温热油海，破坏力极强。类似的还有四代雷影与五代水影的雷水龙弹，水遁塑形后注入雷遁查克拉，兼具麻痹与冲击效果。这些组合技不仅还原了动漫中的经典场面，还能在战斗中打出意想不到的效果。
鸣人和佐助的搭配也是组合技的代表，他们的灼遁·光轮疾风漆黑矢零式由风遁·超大玉螺旋手里剑与炎遁·加具土命融合而成，虽然名字有点绕口，但威力绝对不容小觑。卡卡西在获得双万花筒写轮眼后，将神威之力注入雷切，创造出神威雷切，连辉夜的手臂都能切断。这些组合技不仅需要忍术属性契合，还得看忍者之间的默契程度，比如雷之国的AB组合——四代雷影和奇拉比，他们的绝牛雷犁热刀就是靠多年配合才能瞬间斩下敌人首级。
除了主角团，反派角色也有不少强力组合技。角都的风火复合忍术利用地怨虞面具释放，风遁强化火遁的威力，普通水遁根本无法防御。而六道佩恩虽然由长门一人操控，但六具尸体各司其职，视觉共享，配合起来甚至能超越影级忍者。游戏中这类组合技往往需要特定条件触发，比如羁绊等级或忍者站位，想要完美释放就得提前做好阵容搭配。
最后部分组合技还带有特殊效果，比如威装须佐能乎，九尾披上须佐盔甲后防御和破坏力大幅提升。这类技能通常需要高人气忍者联动，比如宇智波斑与九尾，或者鸣人与佐助的威装形态。想要在游戏中体验这些炫酷连招，得多尝试不同忍者组合，找到最适合自己的战斗风格。
