通过联络站贸易购买的舰船会自动编入参与交易的舰队编组中。玩家无需手动操作分配，系统默认将新购舰船与执行联络任务的舰队绑定。这一机制确保了交易的即时性，但需要注意舰队人口上限是否满足新舰船的加入条件。若舰队已满编，则无法完成购买操作。
贸易购买的舰船可通过舰队管理界面直接查看。具体路径为主基地-舰队-选择参与联络的舰队-编组详情。新舰船会显示为未部署状态，需手动点击部署按钮激活。联络站交易获得的舰船均为基础型号，不包含子型号或特殊改装模块，其技术值与玩家已有同型号舰船共享进度。
若需将贸易舰船转移至其他舰队，必须通过基地的舰船召回功能。先将包含新舰船的舰队召回基地，随后在舰船仓库中选择目标舰船重新编组。此过程消耗5点策略值，且受24小时基地迁移冷却时间限制。不建议在交战区域进行此类操作，避免舰队召回时遭遇敌方拦截。
与蓝图研究的舰船不同，它们不会进入常规舰船仓库，而是始终绑定于购买时使用的联络舰队。这意味着长期未处理的贸易舰船可能占用重要舰队编制，建议在交易完成后48小时内完成重新编组。通过前哨站进行的跨星系贸易，其舰船会暂时存放在联络站对接港口，需手动派遣运输舰队接收。
对于同盟共享联络站购买的舰船，存放规则略有不同。这类舰船会优先进入同盟舰队池，需通过同盟舰船调度界面领取。每名成员每日可领取的舰船数量受同盟等级限制，领取后的舰船遵循常规存放规则。同盟贸易舰船的技术值独立计算，不与玩家个人持有的同型号舰船共享进度。
最后需要明确，所有贸易获得的舰船均无法直接出售或分解，但可通过舰船重置功能转换为对应等级的技术储备点。该操作需要在基地研究中心的舰船改造界面完成，重置后的技术储备可用于提升同类型舰船的技术等级。这一机制为临时调整舰队配置提供了回收利用途径。
